在电影《同窗生》中，南派间谍明勋的父亲因为被诬陷而导致任务失败，不仅自己遭受不白之冤，还让明勋和他的妹妹陷入了困境，被送往收容所监禁。面对这个窘境，明勋决心拯救妹妹的唯一希望就是请求监察所的军官文尚哲帮助，他愿意为此成为南派间谍，接替父亲的任务。

明勋原本是个善良敦厚的人，但在成为间谍后，逐渐变成了冷血的杀人工具。他潜入南部时伪装成高中生的身份，偶然邂逅了同窗生惠仁，爱情的火花在两人之间迸发。然而，明勋的特殊身份使得他时刻受到监视的眼睛，这让他们的纯真爱情变得困难重重。

明勋陷入了进退两难的境地，他该如何挽回妹妹的生活，同时又不失去自己的感情呢？