时光荏苒，转眼间，《五岛医生诊疗所2006》中的五岛健助已经在冲绳离岛志木那岛度过了数个季节。在这段时间里，他不仅赢得了岛民们的信任，更融入了这个小岛的生活，与岛民们共同守护着生活中的点滴幸福以及最珍贵的东西。 故事的重心围绕着星野彩佳展开，她被诊断患有恶性肿瘤，生命岌岌可危。从此刻起，她与五岛分处东京和志木那两地，共同等待着命运的审判。这种距离的挑战成为了他们生活中的一大考验，而这段时光也成为了一次对生命的思考和珍惜。 与此同时，经验尚浅的仲依美奈走进这个小岛，接替彩佳成为新的护士。她仿佛是当年的五岛，融入了全新的环境中，接受着生活的磨砺。在这个陌生的地方，她将会面临各种挑战，成长为一个更加坚强和成熟的人。 生死疲劳，前方充满了考验和磨难，然而这群善良的人们只有咬紧牙关，携手前行。在医疗所里，五岛健助不仅是一个医生，更是岛民们的精神支柱。他们共同面对疾病的折磨，相互扶持，共同迎接未知的明天。
