在电影开篇，人类世界饱受时弦力量的摧毁，导致异变和杀戮不断，战争笼罩着整个星球。为了躲避怪物的追杀，人类聚集到最后的净土锡麦城，陷入困兽般的生存状态。在这片孤城的阴霾之下，一场雨夜掀起了一系列令人扑朔迷离的事件。 远征军统领柯北岛的突然叛离成为故事的起点，而与之同时，远征军却遭到了大规模的杀害。卫戍部队队长夜雨泽作为远征小队的成员，却身临其境，陷入对柯北岛离去的思考。夜雨泽开始调查这一系列的谜团，而锡麦城似乎隐藏着令人费解的阴谋。 随着调查的深入，高层召开了一场意欲瓜分远征军剩余部队的会议。总统渡立勋下令，与柯北岛有关的人一律杀掉。这一命令引发了更大规模的清剿行动，锡麦城陷入一片混乱。夜雨泽在拯救柯北岛女儿暮光的过程中，逐渐发现事情远比他想象的更加复杂，更大的阴谋已经悄然向整个人类世界袭来。
