《特工总裁校花宠妻》讲述了华裔青年任浩铭与皇家艺术学院校花阮清恬之间错综复杂的感情故事，以及他们卷入的跨国犯罪案件。

故事发生在东欧某国，任浩铭是当地的一位杰出商界巨子，同时也是特别调查事务局的特工。尽管他身家巨富，但他的心一直热爱慈善事业。在一次偶然的相遇中，他与皇家艺术学院的校花阮清恬相识，两人一见钟情。然而，他们并不知道，阮清恬竟然是任浩铭的弟弟浩杰一直追求的对象。

阮清恬为了躲避纠缠她的浩杰，误上了任浩铭的车，从而开始了他们之间的缘分。虽然阮清恬对任浩铭产生了好感，但她并不知道他的特工身份和身世背后的秘密。