电影《时光代理人第二季》继续带领观众进入了充满谜团和挑战的世界。故事主要围绕着程小时和肖力，他们的目标是找到一系列罪案的幕后黑手，揭开隐藏在阴影中的真相。

程小时是一个智慧出众的时光代理人，他依靠自己的才智和超凡能力来追踪犯罪线索。为了揭开真相，他寻求了肖力的帮助，两人紧密合作，寻找那些隐藏在暗中的蛛丝马迹。然而，凶手拥有未知的超能力，一直在阴影中策划着新的阴谋。身边的伙伴们相继遇害，程小时也屡次置身于危险之中。

随着追查的深入，一个多年前的凶案浮出了水面，似乎与当前的案件有着千丝万缕的联系。真相似乎离他们越来越近，然而凶手的身份却始料未及，充满了悬念和不确定性。