故事围绕着富家小子郝笑文展开，他意外结识了自称是侍女的丑妹，之后与释小宝、小莹一同进入了忍者学校学习。忍者学校欢迎着郝笑文的到来，但对于释小宝和小莹，他们必须凭借实力来争取入学的机会。从此，这四个新同学在忍者老师一元和二次的指导下，开始了忍术的学习。 然而，这一群顽皮的儿童在学习和生活的各个方面都不忘寻找恶作剧的机会，将学习手里剑、潜水和吃饭等任务都变成了一场场欢乐的闹剧。他们甚至利用催泪弹来哄抢外快，而连校长也难以应对他们的淘气。这些儿童的冒险和欢笑充斥着整个忍者学校。 故事中，一名自称绝世忍者的大叔出现在忍者学校，他十年前曾在忍者比赛中失败，一直苦练以期寻找当年的劲敌。而这位劲敌竟然是一元老师。四个小家伙决定帮助这位大叔，但他们面临着一系列困难和挑战。
