宁采臣（张国荣饰）是一名年轻的书生，他被派往郭北县执行一项任务。途中遭遇了大雨，不得已躲进了一个传说中充满谜团的寺庙，名为兰若寺，希望能够在那里暂避风雨。然而，宁采臣的到来却受到了寺庙内的道士燕赤霞（午马饰）的阻拦，使他无法入住。于是，宁采臣决定夜晚偷偷进入寺庙，寻找庇护。

在夜幕降临时，宁采臣被一阵美妙的琴音所吸引，他在那里与聂小倩（王祖贤饰）相遇。然而，宁采臣并不了解，聂小倩实际上是一名女鬼，被困于人世。她的出现使得宁采臣陷入了生死交错的危险中，但幸运的是，燕赤霞及时赶到，救了他的性命。聂小倩渐渐对宁采臣产生了感情，但她的感情被燕赤霞所阻挡。

宁采臣误以为燕赤霞是凶手，计划与聂小倩一同逃走。然而，事情并没有那么简单，这个故事远比看上去复杂。树妖姥姥（刘兆铭饰）要求聂小倩杀害宁采臣，但聂小倩始终不肯。于是，姥姥命令众多妖怪前来追杀宁采臣和聂小倩。幸运的是，燕赤霞及时出现，保护了这对恋人，最终与树妖姥姥展开了一场激烈的战斗，并成功将姥姥封印一百年。

随着剧情的发展，宁采臣渐渐了解到聂小倩的真实身份，她是一名幽魂，曾因尸骨被抛弃在荒野而受到姥姥的控制，每夜需要吸取年轻壮男的阳气以延续自己的生命。为了保护聂小倩免受更多的伤害，宁采臣答应将她的尸骨送回乡间，完成她的安葬仪式，让她得以投胎再世。然而，事情变得更加错综复杂，聂小倩再次受到地府老妖的控制，被迫成为他的妻子。