故事发生在一个充满谜团和危机的时代。大量的科学家神秘死亡，揭示了地球科学界的异常扰动。在这个充满未知的世界中，纳米科学家汪淼成为了故事的关键人物。他进入了神秘的网络游戏《三体》，开始逐渐揭开了这个世界的真相。

在游戏中，汪淼参加了一次玩家聚会，与一个神秘组织（ETO）接触。同时，地球防卫组织中国区作战中心也派遣停职警察史强来调查这一事件。汪淼和史强，两个在思想和立场上互不认同的人，开始共同面对这个充满巨变的世界。