电影《我们的眼睛》讲述了在假期期间，科学兴趣小组的几位同学远赴云南澄江县帽天山动物化石群参观学习的故事。小组成员包括机灵勇敢的肖聪，知识丰富的李懂，身体健壮且好奇心旺盛的吴国豪，以及从美国回来的张美。

在参观后，他们和老师一起投宿在抚仙湖旁的渔村，与渔民齐大宝叔叔和他的老奶奶一起生活。对于一直在城市长大的孩子们来说，这样的乡村生活充满了新奇和有趣。

在游玩抚仙湖的过程中，肖聪意外发现了一颗神奇的化石蛋。当晚，他将化石蛋放在枕边，结果化石蛋散发出红色光芒，令孩子们惊讶不已，纷纷围观。

第二天，四个孩子跟着齐大宝去湖上捕鱼，期间大宝谈起了关于抚仙湖水下古城的神秘传说，令孩子们充满向往。化石蛋展现了它神奇的力量，竟然将大宝变回一个孩子，并带领他们穿越时空来到两千多年前的古滇国，正是那座沉入湖底的古城。