《闪乱神乐》的故事背景设定在一个仍然存在着忍者的现代世界中。政府为了对抗被政治家和大企业雇佣的"恶忍"，创立了"国立半藏学院"，这所学院培养着被称为"善忍"的忍者，他们的任务是捍卫社会的和平和安全。

故事的焦点是五位性格迥异的女忍者，她们是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀。每位女忍者都拥有独特的技能和特点，以满足不同观众的喜好。这些女忍者们进入国立半藏学院，接受了严格的训练，以成为出色的"善忍"。他们不仅需要掌握忍术和战斗技能，还必须面对各种挑战，包括政治家和大企业的阴谋以及"恶忍"的威胁。