故事的主线是围绕着大内库失窃的事件展开。东厂主管太监古今福率领千户欧阳全南下调查此案，同时南下的还有辞官锦衣卫林镇南。这一情势引发了武林中的不安，尤其是在武林盟主“五岳盟主”左冷禅的外围策应下，使得各方势力开始活跃起来。

华山派的大弟子令狐冲和师妹岳灵珊接到师命，前来增援林镇南。令狐冲和岳灵珊的实力相对不足，因此在路上遭遇了种种危险。不过，幸运之处是他们相继遇到了武林中的各路英雄，如顺风堂堂主刘正风、日月神教长老曲洋、以及华山派的风清扬。这些相遇并不仅仅是巧合，它们让令狐冲和岳灵珊获得了《笑傲江湖》曲谱和独孤九剑的传承，为后续的冒险奠定了基础。

各路人马为了《葵花宝典》的秘密聚集于苗人地，欧阳全与左冷禅之间的争斗愈发激烈。古今福和岳不群之间也是明争暗斗，双方展开了一场激烈的对决。在这一过程中，令狐冲站出来保护了一班师兄弟，使出了独孤九剑，从而明白了“笑傲江湖”的真正含义。