电影《轰天密令》讲述了两位警花，李丽雅和杨娜，执行任务后前往菲律宾渡假，并在此过程中意外卷入了一场危险的国际军火交易的调查。两位女警在享受美丽的菲律宾风光时，接到香港上司的紧急任务，要求暗中调查涉及港菲之间的军火交易。

这个看似平静的渡假之旅，很快就变成了一场充满危险与忧虑的冒险。在执行任务的过程中，她们结识了菲律宾的警探艾迪，而随着调查的深入，她们才逐渐揭开了一个复杂的军火走私集团的黑幕。

令她们震惊的是，她们的表哥洪奔居然是菲律宾五大军火走私商之一，而且与他的妹妹罗娃一同操控市场，为了垄断军火交易而毫不手软。为了阻止他们的犯罪活动，李丽雅、杨娜和艾迪冒着生命危险，进行了一系列的行动，包括激烈的枪战、引爆爆炸装置以及与敌人的殊死搏斗。