电影《黑衣人2》延续了第一部的故事，距离第一部发生的四年之后，特警K已经退休，过上了普通的生活，成为一名邮局局长，而J则继续担任MIB的特工。

这一次，故事的背景是卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜的降临。她来到地球，寻找宇宙能量“萨塔之星”，并占领了MIB的总部。而在故事的背后，还有一个曾经逃亡到地球的萨塔公主萝娜的请求，她希望MIB能将“萨塔之星”藏在地球上，以保护它。当年为了地球的安全，K拒绝了她的请求。

面对这个宇宙威胁，MIB派遣J前去寻找K，调查当年的事件真相。但要说服失去记忆的K相信外星人的存在并参与解决这一危机，成为了J面临的第一个巨大挑战。