在动漫《PHI·BRAIN 神之谜题 第一季》中，故事围绕着私立学院的解谜部展开。井藤野乃叶（清水香里配音）是解谜部的创始人，她带领着一群热衷解谜的学生，以解开世界各地难解之谜为目标，在校园中活跃着。

解谜部成员们个个都是智慧超群、富有创造力的学生，他们用智慧和团队合作解决了一个个看似不可能解开的谜题。在经历了一系列挑战之后，他们决定参加全国高中生解密选手赛，希望能在全国范围内展现自己的才能和智慧。

比赛中，他们面临着来自各地优秀解谜者的强大竞争，每一关的谜题都考验着他们的智慧和团队合作能力。在比赛过程中，解谜部的成员们不断突破自我，学会了更加有效地沟通合作，并且逐渐领悟到了解谜背后所蕴含的更深层次的哲学思考。