电影《血性山谷》讲述了发生在1944年3月的一段惊险的护送故事。一位高级军官必须在一支精悍的小部队的保护下，穿越晋陕边界的日寇封锁区，前往延安开会。这段充满危险的旅程充满了挑战和考验。

故事中的首长在一支小部队的陪同下，决定穿越一条杳无人烟的山谷，以确保安全和缩短路程。这个任务充满了不确定性，因为他们需要穿越敌人设下的封锁区。为了降低风险，他们聘请了一位农民向导刘存，希望他能够带领他们安全通过山谷。

在旅途中，护送部队的战士们非常小心，确保不发出任何声音，以免暴露在敌人的注意下。首长则骑在一头骡子上，保持冷静。而刘存则心怀忐忑，担心自己的骡子被捆得无法移动，因为他急于完成任务并赚取一笔可观的报酬。

在穿越山谷时，部队突然遭到了日寇的炮火袭击，陷入了混战之中。刘存的耳朵在爆炸声中受到了伤害，使他丧失了听力。在混乱中，他想要找回自己的骡子，却不知道早已被日寇夺走。而日寇也发现了刘存，察觉到他是共产党的高级军官。

刘存的追寻之路充满了危险，但他毅然决定追回自己的骡子，即使这意味着要面对日寇的威胁。他的行动无意中将护送部队引入了敌人的视线，使他们再次陷入了危机之中。

在追踪队伍的过程中，刘存逐渐意识到了自己的责任和错误，他不再只关心个人的利益，而是希望能够帮助护送部队脱离险境。在极限的情况下，他巧妙地运用自己对地形的熟悉，躲过了日寇的追踪，最终找到了回归部队的机会。