《薄樱记》讲述了日本元禄年间丹下典膳(山本耕史 饰)的传奇故事。典膳出身旗本家庭,家境并不富裕,但他自小就立志习武,成为了江户城中备受推崇的一刀流剑豪。他以质朴、机智的性格赢得了高层的器重,成为了德川幕府的忠实旗侍,同时也是一刀流道场中最出色的剑士。
他的妻子长尾千春(柴本幸 饰)出身门第显赫,本是出于政治目的与丹下家联姻,但两人的感情却是真挚的。然而,一次火灾中,千春不幸受到歹徒侵害,而典膳为了保护妻子的名誉而隐瞒了这一切。然而这一举动却引发了千春的哥哥的愤怒,他削去了典膳的左臂,使他失去了武士的身份,成为了一个无名浪人。
在失去一切的情况下,典膳开始了漫长的流浪生活。他与好友剑客堀部安兵卫(高桥和也 饰)之间的情谊和信任在困境中更加坚定。然而,命运的安排却使得两人不得不面对彼此之间的对决,一场充满荣誉与牺牲的生死较量即将展开。