故事发生在第一部的四年之后，特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经选择了退休，过上了普通的生活，担任一名邮局局长。而相反，J（威尔•史密斯 饰）则继续为MIB工作，维护着地球的安全。 这一次，卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球，她渴望找到宇宙能量“萨塔之星”，并占领了MIB的总部。然而，多年前，逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB将“萨塔之星”藏在地球上，K当时为了地球的安全拒绝了她的请求。 面对如此强大的敌人蛇莲娜，MIB决定派遣J前去寻找K，并调查当年的事件真相。然而，要说服失去了记忆的K相信外星人的存在，成为了J面临的首要难题。这个任务充满了挑战，因为K已经过上了平凡的生活，对自己的过去毫无记忆。
