故事背景设定在上古年间，一个神秘的魔教主幻影为了夺取传说中的轩辕神剑，联合修仙门的叛徒灵光子，发动了一场突如其来的袭击。修仙门毫无准备，于是正邪之间的殊死搏斗一触即发，上古神剑轩辕剑也被封存在群山之中。这一场血战，成为整个故事的开端，也点燃了轩辕剑的传奇。 故事跳跃到三百年后，上清掌门清秋飞升，将灵虚剑与掌门之位传给了无念。于是，无念带领修仙门展开了漫长的寻找轩辕剑之路，然而，道路却充满了重重阻碍。魔教余孽不断出现，正邪之间的纷争日益激烈，爱情、背叛、正义与邪恶纠缠交织，一系列的阴谋和杀戒在仙魔两派之间上演。
