故事以一个偌大的垃圾场中被发现的男孩尸体为开端。这个男孩来自贫民窟，他的死亡可能只是一个不被关注的小新闻。然而，法医人类学家、耶稣会士兼神父古斯·萨恩斯却在这个事件中嗅到了不寻常的气息。他的调查揭示出垃圾场中还埋藏着数量极其惊人的男孩尸体，这个令人震惊的发现引发了一系列令人不安的问题。

萨恩斯和他的同事杰罗姆开始深入调查，他们穿越马尼拉拥挤的大街小巷，寻找线索并逐渐解开了一个政治黑幕的秘密。正当他们试图将这一悲剧揭示给世界时，年轻记者乔安娜·博尼法乔的出现为他们提供了宝贵的帮助。这个团队一起努力，试图揭示政治精英们如何将这些孩子置于危险之中，并以何种方式掩盖了他们的罪行。

《政治黑幕》电影的剧情基于菲律宾作家费丽萨·巴塔坎的获奖小说改编而成，通过强烈的叙事和深刻的人物刻画，触及了观众内心最深处的情感。这部影片深刻地反映了社会的不公正和腐败现象，以及普通人在揭露真相时所面临的困难和危险。