电影《杀破狼2》以香港探员卧底犯罪集团为故事背景，主要讲述了一场人性善恶和因果宿命的警匪较量。

故事的主人公是香港卧底探员陈志杰，他为了侦查犯罪集团的幕后主脑洪文刚，不惜伪装成瘾君子，潜伏在犯罪集团中。洪文刚经营着一个看似无害的玩具贸易公司，但实际上是一个跨国贩卖人体器官的犯罪组织。这个危险的任务需要陈志杰付出巨大的代价，他的生活充满了危险和不确定性。

与此同时，泰国的狱警阿猜也卷入了这场危机之中。阿猜的女儿患上了血癌，急需同血型的骨髓捐献者。由于医院对捐献者的信息保密，阿猜不得不私自寻找骨髓捐献者的联系方式。这一搜索导致他与陈志杰相遇，两人在语言不通、身份对立的情况下，竟成为了唯一可以救阿猜女儿的骨髓捐赠者。阿猜必须保护志杰的性命，以确保女儿的救治。

然而，事情并不顺利。志杰被洪文刚的手下绑架，送往泰国监狱，并成为了高晋狱长的人质。高晋是洪文刚的同谋，他为了确保犯罪集团的交易能够成功进行，必须铲除志杰和阿猜。