故事发生在2025年的黑白都市斑马城，这座城市内部遵循着神秘的“斑马时间”。斑马城的斑马女皇以其动人的歌声成为了城市内的超级歌手，她的歌曲连续四十周占据排行榜冠军。但鲜为人知的是，斑马女皇实际上是都知市的女儿唯。她野心勃勃，计划着征服世界，成为救世主，通过推行斑马时间统治全球。 然而，外星人曾经威胁地球，但被唯的父亲保留在研究所中，后来却神秘失踪。唯的计划是找到外星人，让它再次在地球上制造混乱，然后以黑斑马的身份打败它，进一步推广斑马时间。唯曾成功地变身为黑斑马，而当她得知外星人藏匿在白马之家时，她展开了行动。 故事的主人公市川新市在黑白都市的混乱中醒来，但他失去了过去十五年的记忆。他被带到白马之家，一个隐藏着失落者的社区。在那里，他遇到了小堇，一位栽种黑白蝴蝶花的少女。小堇最初对他保持沉默，但后来逐渐打开了心扉。然而，当新市触碰到她时，她突然发生痉挛，身上浮现斑马纹，记忆也开始复苏。他想起了自己是斑马人，以及神秘的远心分离机如何封锁了他的记忆。 与此同时，唯也受到感应，她的身体开始发生痉挛，浮现斑马纹，外星人似乎寄生在了她身上。斑马警察和机动队迅速发起了对白马之家的攻击，一场关乎地球存亡的黑白之战开始了。
