故事重启后，我们再次跟随着迈克尔（温特沃斯·米勒饰演）和他的兄弟林肯（多米尼克·珀塞尔饰演）以及其他两位伙伴，陷入了一个看似“有进无出”的监狱。新的越狱计划也因此呼之欲出，充满了新的创意和挑战。

兄弟俩本以为他们已经成功获得新生，但命运却把他们重新带回了监狱，而这一次的越狱任务变得更加危险和艰巨。尽管林肯已经被美国法院宣布无罪，但他们仍然是全国搜捕的目标，被迫逃往巴拿马。然而，迈克尔也并没有幸免于难，被一股名为“公司”的势力设计，被囚禁在了Sona监狱。

Sona监狱与一般的美国监狱大相径庭，曾经的一次暴动使得监狱无法得到正常的管理，监狱内部陷入了混乱，而外界则被围栏警戒隔离。在这里，犯人必须自生自灭，而监狱内的管理则掌握在犯人老大路赛罗手中。

迈克尔在Sona监狱内的日子充满了危机，他必须小心翼翼，不得招惹老大路赛罗，同时还要时刻警惕与他同被囚禁的三位犯人，以免越狱计划彻底失败。这三位犯人分别是马洪（一个叛变的FBI探员）、巴里克（曾是福克斯河监狱的狱警，如今也成了囚犯）、以及THEODORE “T-BAG” 巴格韦尔（一个变态杀人犯）。

与此同时，林肯在外面必须协助迈克尔的越狱计划，因为只有越狱成功才能拯救他的儿子LJ和迈克尔的女友萨拉。在巴拿马，林肯与曾经的越狱伙伴苏克雷相遇，同时也卷入了更加复杂的局势，包括与两位美丽女人苏珊和索菲亚的相遇，这些女人都有着神秘的背景和危险的秘密。

时间紧迫，迈克尔和林肯必须尽快找到爱人们，摧毁“公司”，并实施这一艰巨的越狱计划。他们的自由、家人的安全，以及对“公司”的复仇，将推动这个令人屏息的故事不断发展，成为观众心头最大的悬念。