在电影《六月日记》中，一个神秘而可怕的连环杀机在狂风暴雨的夜晚拉开序幕，一名穿着校服的女生在天桥上丧命，而不久之后，同班同学也从楼上坠亡。这一系列事件究竟是偶然相遇还是背后有人蓄意策划？一本名为“六月的日记”的线索的出现将这些可怕命案紧密联系在一起。

电影的主要角色之一，巡警秋子英（申恩庆 饰），首先发现了这些案件中的不寻常之处，尽管这些命案都被官方认定为自杀。然而，秋子英坚信这其中存在更深层的真相，尽管他承受了巨大的压力，仍然坚决地展开了自己的调查。

另一方面，秋子英的同事金东旭（文政赫 饰），与他水火不容，也在法医处发现了一个惊人的发现：凶手竟然通过日记预告了下一次的杀人行动。为了找到真相，秋子英和金东旭决定放下曾经的恩怨，联手破案。然而，事实远没有表面看起来那么简单。随着调查的深入，更加可怕的事情逐渐浮出水面。