电影《妖女斗师公》带领观众进入了一个扣人心弦的冒险故事，充满了神秘与惊险。该片的故事始于世杰为了完成毕业论文而前往刘忠河同学家寻找资料的决定。然而，一连串的事件却将他们卷入了一场超自然的斗争之中

某日，士杰和刘入山在考古途中不慎迷失方向，夜幕降临，不得已留宿在山野中。夜晚，刘入山因急需上厕所而不慎跌入山洞，令人惊讶的是，他在山洞中竟然发现了一具骷髅头和一枚神秘的令牌。经考古教授确认，这些物品属于明朝时期的古物，并带回保存。

然而，事情并没有就此结束。一天，刘在打扫卫生时不慎被骷髅头刺伤，鲜血滴入骷髅头内，引发了一股神秘的灵气。夜晚，士杰回房间研究时，却发现骷髅头内的灵气竟然变成了一个名叫小娟的灵魂。

贾一道注意到士杰被鬼魂缠身，为了保护他，忠河和刘的父亲采取了一系列的法术。然而，此时阴阳魔却出现，要挟小娟听从他的命令。小娟不愿屈服，于是被囚禁在骷髅头内，不得已只能杀害士杰以解困。然而，在她被符咒伤及之际，一位神秘的魔女出现，救了她。