《胖墩夏令营》的故事发生在一个夏令营，参与者是一群体重较大的小胖墩。这些孩子被父母逼迫来到夏令营，希望他们能够通过锻炼减肥。然而，在前往夏令营的路上，两名罪犯阿乌和阿元，偷窃了国家生物基地中的克隆晰蜴，躲藏到了夏令营的车上。不幸的是，他们的装有晰蜴的包和胖墩的肉松包被混在一起。由于这一误会，阿乌和阿元以厨师的身份混入了夏令营，试图偷回晰蜴。

小胖墩们在夏令营期间，除了锻炼外，也偶然发现了晰蜴，视之如宝贝。当他们察觉到阿乌和阿元的企图后，开始了一场斗智斗勇的较量，试图阻止这两名坏蛋的计划，让他们苦不堪言。最终，公安人员介入，将阿乌和阿元抓获。