在第一部电影中，观众已经见证了伯恩（马特·达蒙饰）的生死边缘和枪林弹雨。然而，他在第二部中并没有得以喘息。他选择了隐姓埋名，与女友玛丽·克鲁兹化名隐居在一个偏僻的海滨小镇。尽管伯恩试图摆脱过去的种种，但“过去”却一直如影随形。 突如其来的危机出现在小镇上，秘密组织的杀手已经悄然潜入，他们的目标似乎与伯恩有关。为了保护自己心爱的女友，伯恩必须再次面对危险，展开一场新的战斗。 电影中的情节不断升级，一个国际政治刺杀事件让CIA重新审视伯恩的档案。某国政要被职业杀手刺杀，而刺杀者留下的线索却显示他的名字是“杰森·伯恩”，这个名字其实是大卫·韦伯在中央情报局的化名。伯恩不仅要躲避秘密组织的追杀，还要躲开CIA特工的追踪。 在伯恩的一路寻找真相的过程中，他发现自己需要依靠过去的同伴，如尼科莱特（朱丽娅·斯蒂尔斯饰）。然而，连尼科莱特自己也卷入了困境，情势迅速失控，而身处四面楚歌的“伯恩”现在只能单枪匹马，去揭开那个假冒自己的人的真正身份，以还清自己和尼科莱特的名誉。
