故事的主要角色是少佐草薙素子，由斯嘉丽·约翰逊扮演。她是同类型生化人中的第一个，拥有人类大脑和灵魂的机器人，由奥莱特博士（朱丽叶·比诺什饰）为Hanka Robotics公司设计。少佐草薙素子被拟人化后加入了荒卷大辅（北野武饰）领导的公安九课，这支精英小分队致力于制止罪犯和黑客的活动。

然而，在她履行公安九课任务的过程中，少佐草薙素子常常陷入幻觉，并开始怀疑自己的身份，渴望找到自己的过去。当她发现自己正在追踪的犯罪首脑久世（迈克尔·皮特饰）似乎与她有着惊人的相似之处时，更大的阴谋逐渐浮出水面。