电影《穿越时空的密令》讲述了一群拥有特殊能力的小朋友，通过一台时空穿梭机，来到了宋代的开封府，与包公、展昭等一起展开了一系列令人惊险的历险与破案故事。

这些小朋友各有独特的超能力，但他们并没有完全认识到自己的潜力。在与包公等一众历史名人的合作中，他们逐渐发现了自己的缺点和不足，也领悟到了团队协作的重要性。通过解决地牢命案、智擒偷银贼、查案揭露真相、助力包公治病等一系列事件，这些小朋友不仅锻炼了自己的技能，也成长为更加成熟、有责任心的个体。