在公元2205年，一个名为“历史修正主义者”的势力崭露头角，他们的目标是彻底改变历史的进程。为了对抗这一波攻击历史的势力，政府采取了一项极端的措施，他们动用了能够唤醒刀剑力量的审神者，以及刀剑的付丧神——刀剑男士，将他们送往各个不同的历史时代，展开了一场守护历史的战斗。 故事的背景设定在本能寺之变，这是一段发生在日本历史上的关键时刻。在这个时期，织田信长的家臣明智光秀背叛了他，导致了对织田信长及其后继者织田信忠的讨伐。最终，信长和信忠都选择了自杀来结束他们的生命。而本能寺也在这次事件中发生了火灾，使得信长的尸骨难以保存。 而在这个剧情背后，刀剑男士的任务就是保护这段历史不受到篡改。他们必须努力阻止历史修正主义者的阴谋，确保历史的流程不受干扰。为此，他们甚至需要暗杀织田信长，以维护历史的完整性。
