这部电影带领观众进入了一个内向的8岁男孩托马斯的生活，他在孤儿院倍受冷落，却在一位迷人的女子玛乐的呵护下，发现了生命中的彩色。

汤玛斯，一个年幼的孤儿，生活在孤儿院中。由于他的胆怯和口吃，他经常成为同龄孩子们嘲笑和欺负的对象。然而，一天，汤玛斯的生活发生了翻天覆地的变化。在学校里放走了一只鸽子后，他被带到校长办公室，却意外地遇到了梅尔，一个热心的女性，她决定领养汤玛斯。与此同时，他还遇到了亚力克，一个看上去冷冰冰的男人，他原本想要一个更大胆、更自信的孤儿。

随着时间的推移，汤玛斯与南希建立了深厚的友谊，也结识了沙莫斯。这两位小伙伴将汤玛斯带入了他们的世界，虽然一开始他因为洞穴中的蝙蝠而感到害怕，但他们在后面追赶着他，道歉并安慰他。随着时间的推移，汤玛斯逐渐融入当地学校的生活，获得了自信，对野生动物充满了浓厚兴趣。

随着汤玛斯的成长，亚力克也逐渐改变了对他的看法，而且两人之间建立了深厚的感情。在汤玛斯的生日上，夫妇俩送给他一根钓鱼竿，并带他去钓鱼，还在海边与海豹亲近。这一刻，汤玛斯第一次称呼梅尔为“妈妈”，并让她答应带他走进彩虹。

故事中也有一段令人感动的情节，当汤玛斯见到沙莫斯在山上不断被母鸟攻击时，他毫不犹豫地伸出援手，挽救了他的小伙伴。这一事件改变了沙莫斯对汤玛斯的看法，他开始尊重汤玛斯。

然而，悲剧也在故事中发生。梅尔生病，而亚力克无法同时照顾汤玛斯。这导致了汤玛斯离开梅尔，来到了凯蒂家，与南希和沙莫斯一起生活。在梅尔生命走到尽头时，汤玛斯坚定地守在她身边，表现出无比的坚韧和爱。

然而，悲伤的时刻终于来临，梅尔去世了。亚力克陷入绝望，不再愿意继续收养汤玛斯。但汤玛斯明白，他的养父需要他。尽管亚力克表现出冷漠和愤怒，甚至焚烧梅尔的遗物，汤玛斯仍然坚守，用一块红布挽留着梅尔的回忆。

最终，汤玛斯做出了一个勇敢的决定，他带着斯玛奇乘船远离海岸，向大海进发。亚力克在醒来后发现汤玛斯的离去，他紧急地寻找着孩子。在暴风雨中，汤玛斯的小船翻覆，将他冲到了一个小岛上。尽管生死未卜，汤玛斯幸运地存活下来。

最终，亚力克找到了汤玛斯，此时两人的感情已经被彻底改变。亚力克给了汤玛斯一个选择，是否愿意和他生活在一起。毫不犹豫的汤玛斯选择了亚力克，第一次称呼他为“爸爸”。