《名侦探柯南：零的执行人国语》带领观众进入了一个扣人心弦的悬疑故事中。故事发生在东京湾的新设施“海洋边缘”，正值东京峰会召开之际。这个巨大的设施吸引了约2万名警察的出动，然而，却发生了一起大规模的爆炸案，让整个峰会陷入了混乱之中。

在这个令人震惊的事件中，柯南和他的朋友们发现了一个神秘的组织，被称为“零”，他们秘密掌握着全国公安警察的权力。而这个组织的成员中，有一个名叫安室透的人，他的行动充满谜团，让柯南感到事情并不简单。

通过现场留下的指纹，犯人被认定为曾在警视厅工作的毛利小五郎，这一指控引发了柯南和安室之间的敌对关系。同时，柯南也听说了安室曾经追逼嫌疑人至自杀的奇怪案件，这让他对安室的真实身份产生了更多疑问。

然而，在柯南决定起诉小五郎的同时，东京都内爆发了一系列难以理解的恐怖袭击。柯南和公安警察逐渐接近案件背后的阴谋，而与此同时，大型无人探测器“天鹅”也将在峰会召开之日完成在火星的任务返回地球。一场充满谜团和危险的冒险即将展开，柯南将不得不揭开事件的真相，解开安室透的身份之谜，而这一切都将在迫近的X日揭晓。安室透究竟是柯南的敌人，还是潜在的盟友？这个谜团将在电影中逐一揭开。