在《神盾局特工 第一季》中，纽约之战彻底改变了世界。外星人和超能力者不再只是传说，它们成为了现实。然而，随着纽约之战的结束，世界格局即将重新洗牌，野心家们开始崭露头角，而神盾局则面临前所未有的挑战

就在这个危机关头，传闻中在纽约战斗中丧生的特工菲尔·科尔森探员（克拉克·格雷格饰）突然出现，重新回到了神盾局。他不仅自己复活，还吸纳了一些身怀绝技的特工，包括格兰特•沃德（布雷特·道顿饰）、梅琳达·梅（温明娜饰）、莱奥·菲兹（伊恩·德·卡兹泰克饰）以及盖玛·西蒙斯（伊丽莎白·亨斯屈奇饰）。

除了神盾局内部的特工，还有一支来自黑客组织涨潮的民间团体的斯凯（科洛·本内特饰）加入了他们的行列。这个团队以一己之力，投身于各种匪夷所思且充满疑云的危险事件的调查中。