电影《SPEC SPEC警視庁公安部公安第五課 未詳事件特別対策》讲述了一个充满超自然谜团的故事。故事中，日本警视厅特殊部队（SIT）的小队长濑文焚流（由加濑亮饰演）在一次任务中遭遇了队友的神秘死亡。他不得不面对上级的质疑，却无法交代清楚真相，最终被调职到公安部公安第五课——专门负责调查不明事件的科。这个科室致力于解决一些匪夷所思的超自然案件，虽然处在现代化社会的光辉之下，却总是在阴影里默默工作。

濑文在第五课里遇到了狡猾的上司野野村光太郎，以及智商高达201的怪女孩当麻纱绫（由户田惠梨香饰演）。在这个部门，他们开始调查各种拥有超能力（SPEC）的人物，例如预言师、神之手等等。这些拥有特殊能力的人牵扯进了各种超自然事件，带来了一个个令人瞠目结舌的谜团。

电影通过描绘超自然案件的解谜过程，将观众带入了一个充满惊奇和不可思议的世界。濑文作为调查员，必须跨越现实与超自然之间的边界，寻找线索，还原事件的真相。在这个过程中，他不仅需要运用专业知识，还要面对一些无法用科学解释的现象，挑战着自己的智慧和勇气。