电影《匿名者 警视厅“键盘杀人”对策室》构建在都市中的一个悬疑背景之上，该背景是为了应对在网络上的诽谤和谩骂所导致的键盘杀人（也称为“指杀”）而设立的警视厅“键盘杀人”对策室（通常称为“指杀组”）。在这个故事中，被调离一线的孤独狼卍户渡（Banjo Wataru）展开调查，试图找到背后的罪犯，即一个没有面孔、拥有强大成员的匿名者。

在这个故事中，网络上的诽谤和恶意攻击导致了一系列的键盘杀人案件，为了应对这些事件，警视厅特别设立了“键盘杀人”对策室，任务是追踪并解决这些虚拟世界背后的真实威胁。然而，由于这些犯罪分子隐藏在虚拟身份之后，他们没有面孔，难以被揭示出来。

主人公卍户渡曾经是一名在一线调查部门工作的警察，但因为某些原因被调离到“键盘杀人”对策室。他是一个孤独的狼，个性坚毅，冷静机智。面对越来越频繁和恶劣的键盘杀人事件，他开始展开调查，试图解开这个隐藏在虚拟世界的谜团。

随着调查的深入，卍户渡逐渐接近了一个强大的罪犯组织，这个组织被称为匿名者。他们以匿名的身份在网络上传播恶意，导致现实中的暴力行为。卍户渡不仅要解开这个罪案谜团，还要面对匿名者强大的力量，以及他们背后的动机。