故事距离假面骑士圣刃的变身者神山飞羽真等剑士们奋力拯救世界已经过去了8年。飞羽真收养了少年小陆，他因为卷入大战而失去了父母。飞羽真的好友间宫和编辑须藤芽依也一同帮忙照顾小陆。飞羽真希望能弥补小陆失去的父爱，但无法治愈他的创伤。11岁的小陆至今没有露出笑容。 与此同时，成为翻译家的富加宫贤人即将与立花结菜结婚，过着充实的生活。然而，剑士们身边开始发生奇怪的事情，圣剑的持有者接连消失。新堂伦太郎开始调查此事时，假面骑士霸剑 惊异塞壬突然现身。解除变身后的篠崎真二郎自称是伦太郎的父亲，令伦太郎陷入困惑。 贤人遭遇了霸剑的袭击，小陆放学未归，飞羽真前往寻找却也遭到霸剑的攻击。奇幻驾驭书中隐藏着怎样可怕的力量？时光流转，飞羽真一行人等待着最大最后的苦难。
