眼镜蛇这个恐怖组织把埃菲尔铁塔轰炸化为乌有，让这个组织一下子称为闻名全球的恐怖组织。他们这个做法是向全球展示自己的成立，他们极其神秘的隐藏让很多国家都感到不安，害怕下一个恐怖行动就是在自己国家。秘密行动小组特种部队G.I. JOE由霍克将军领队，手下高手如云，他们经过行动调查，很快发现了“眼镜蛇”的阴谋。首先他们解决了给恐怖组织提供武器的迪斯特罗，“眼镜蛇”中的白幽”灵和特种部队G.I. JOE的蛇眼是一对兄弟，他一直在自己的组织和特种部队G.I. JOE中摇摆不定。特种部队G.I. JOE和“眼镜蛇”的大战一触即发，原本深藏不漏的“眼镜蛇”头目也逐渐显露真身，居然是特种部队G.I. JOE中的一员，这个突然的变故让特种部队G.I. JOE成员都惊讶不已