故事发生在遥远的未来，此时人类生活的地球表面没有变化，但实际上世界各个不同的地方都有着怪兽出来捣乱的现象。为了让人们回归正常的生活，人类组建全新的组织，开始与怪兽对抗。组织下面建立的队伍就是夜袭队，这支队伍主要的目的是消灭捣乱的怪物。随着新的变异怪物出现给众人带来更多的危机，使队伍陷入全所未有的艰苦作战之中。此时奈克瑟斯奥特曼出现在众人的面前，开始与巨型的怪物在空间作战，队伍中的所有人利用特殊飞行器进入到空间中，决定与奈克瑟斯奥特曼共同作战，让所有人发现怪物和奥特曼都在等待着某种东西的出现。众人决定开始调查其中事情的真相，将所有的真相全部还原，将威胁人类最终对手消灭，保护地球