《万界至尊》故事发生在浩瀚的九州大陆上，有的贤者居住在福地洞天之中，有的能人却住在云阙仙山，总之各方人士都在努力的修仙，希望有朝一日能够得道成仙。身为主人公的楚云飞原本是九州南部云海山庄的少庄主，在12年前自己的父母贝山庄当中的管家秦渊下毒害死，自己的父亲在关键时刻将自己从云海山庄推下，通过通河汉成功躲避秦渊的毒手，但至此无家可归，四处漂泊。直到7年之后，长大成人的楚云飞带自己的小伙伴段无尘、李霸衣趁着秦渊过大寿之际，三人从新回到云海山庄。秦渊在当时向所有的人隐瞒事情的真相，成功的继承山庄。如今的楚云飞当着众人的面前揭露秦渊丑陋的一面，让江湖各大门派知道秦渊当年犯下的种种恶行，为了使所有人更加相信自己说的话，向众人展示了父亲交给自己的秘术，证明自己就是楚云飞。秦渊面对种种指认，一直不承认，还想尽办法污蔑楚云飞，与其他号称名门正派的人联合起来，共同对付楚云飞