阿飞正传是一部讲述1960年香港青年内心孤傲、叛逆的精神世界和情感纠葛故事的剧情片。旭仔是一位从上海来到香港的移民，从小由养母抚育长大的他对遇到的每一个女人都冷酷无情，先后有两个同居女友，却都被他无情抛弃。从养母处得知自己是拥有西班牙与菲律宾混血体质的贵族私生子以后，旭仔就决定找到生母，于是他孤身前往菲律宾

生母却拒绝见面，离开香港之前旭仔把车子送给歪仔，歪仔把车子卖掉，把剩下的钱给旭仔前女友咪咪，让她去菲律宾寻找旭仔。

暗恋旭仔前女友苏丽珍的超仔目睹了两人之间的决裂，他决定改行跑船，两人曾在菲律宾唐人街上相遇，超仔却假装并不认识对方。后来旭仔在一次买卖假护照的斗殴当中受伤，最后旭仔死在一趟异国列车上面，另一位阿飞则精心打扮自己准备出门，探索属于自己的天地。