小智要去和妈妈一起去合众地区旅行，在下飞机的时候皮卡丘感受到了什么，然后就被火箭队给抓了起来，小智连忙去解救皮卡丘。这时候，天空中出现一片雷云，把火箭队击败后随即消失。红豆杉博士过来接他们，带着皮卡丘去红豆杉博士的研究中心去看看他的状态。小智在中心看到了新人，本来他向用老前辈的姿态给新人带来教训，但是不成想却被修帝嘲笑是从乡下来的。红豆杉博士拿出三个神奇宝贝让修帝挑选，最后他选择了藤藤蛇。修帝拿着自己的新神奇宝贝出去修行，小智跟了上去知道他要去各地打败道馆啊然后去合众联盟比赛。修帝对皮卡丘十分好奇，想要试一下他的实力。双方准备对战，没想到藤藤蛇可以打断皮卡丘的电气系的绝招。红豆杉博士再次给皮卡丘做检查，发现他已经处在负荷状态很久了，这是什么原因呢