十二猴子故事是发生在1996年，世界遭到了病毒的攻击，只有极个别的人们生存了下来，而这些人类并不满足于眼前的生活，想要通过自己团结的力量改变现在的状况，剩下存活人们中的科学家实施了方案和计划，想要改变目前的环境，也希望找到病毒的根源得以根治。

现在已经是2035年了，在1996年所爆发的病毒之后，这些人类不断的苟延残喘，最终发生在一名囚犯的身上，他穿越到了90年代，调查病毒的原因，也在研究着这个病毒专家和自己儿子之间的羁绊。在囚犯的种种探索之下，发生了极其微不可见的线索，这里拥有着难以忘却的童年记忆，更是体现出12只猴子这样的神秘字符，以此展开了不断的线索推断和破解，在寻找着结果的同时，科学家们更奉献出自己的所学解决问题。