变异编年史讲述的是发生在未来的故事，目前时间已经达到了28世纪地球之中，展开了不间断的斗争，各个大势力之间在地球上互相争夺资源和地盘，在战争的不断演变，越来越多的科学技术也随之而出，更是有一些邪恶势力研发了违规的非人类邪恶水准彼此之间的士兵，互相开始了更为激烈的争斗。

在2707年的时候，地球的资源即将快被人类消耗结束，目前有4个组织在瓜分着地球的争夺统治权，并且造成了不断的战争。其中的一名士兵在争斗之时发现了神奇的石头封印，这个封印被破除之后更加强大的敌人破门而出，他们的攻击力极强，而且并不害怕攻击。最终侥幸生存的人在古代书籍之中，发现了事情的缘由，也暗示自己可以成为救世主，想要完成这人类存活的艰巨任务，拯救者自己的家园。