《最强会长黑神》主要讲述了在箱庭学园里发生的故事，女主黑龙目泷是刚刚进入到箱庭学园一年级的新生，秀丽的外表让她成为了广大学生心目中完美的女神，优异的成绩和殷实的家底让黑龙目泷成为了箱庭学园学生会的会长。人吉善吉是黑龙目泷从小一起长大的青梅竹马，是黑龙目泷最坚定不移的支持者，两人关系比较亲密。黑龙目泷在成为会长时的支持率高达百分之九十八，为了能够帮助更多的学生解决在学校里发生的麻烦事情，黑龙目泷联合人吉善吉在学校内设置了意见箱，在收到同学们所反馈的问题以后黑龙目泷，人吉善吉，阿久根高贵等多人一起解决在学校内发生的各种事情，在黑龙目泷的名气和支持率越来越高时也有一些人因为嫉妒出现不友好的声音