玛丽是一个非常可怜的小姑娘，在一次地震中意外失去父母，而后玛丽被送到她亲戚也就是姨丈克克莱文勋爵所在的庄园里，庄园里有一个神秘的花园，当初克莱文的妻子就是从这个花园里面的秋千上，不小心掉下来摔死了，为此克莱文将那个为不详的花园，并且嘱咐要永久锁上花园的门，把钥匙藏在姨妈的柜子里。后来玛丽通过一只小鸟带领下找到了花园，并找到了钥匙打开了花园的大门。玛丽发现科林也就是克莱文的儿子，那个因病缠绕而自我封闭在房间中，玛丽不止一次从的偷偷的去看科林，后来，在玛丽和迪肯的陪伴下，科林开始做起轮椅去秘密的花园游玩，在玛丽的鼓励下，克林也终于克服了走路的恐惧，一次梦境中克莱文梦见妻子呼唤他，于是他赶快去了秘密花园，发现孩子们在玩捉迷藏，而他也和儿子重逢，玛丽也成为他家庭中重要的一员