黑杰克是一个脸上有道长长疤痕的天才医生。他没有行医执照，仅凭一把手术刀就救人于水火之中，治好了无数疑难杂症，创造无数奇迹，但以以收取高额治疗费遭人病诟，被称为怪医黑杰克。在他很小的时候，父亲就抛弃了黑杰克母子，杳无音信，21年后才再次出现，此时母亲已经去世，尽管她在临死之前要求儿子原谅父亲，但是黑杰克仍然对父亲心怀怨恨，并把因烧伤毁容的继母整容为母亲的模样。他和父亲重逢之后，自己就陷入了重重危险之中，而他脸上的疤痕也是幼年时一场大爆炸所致。他一边行医，一边调查当年爆炸案的真相。他救治飙车受重伤的亚克德，为患奇美拉病的富豪手术……最后真相大白：继母父亲全满德是当年那起爆炸的操纵者，他为了研发长生不死的药物而不惜滥杀无辜，却感染新型病毒，最后死于自己女儿的枪下…