第一批数码宝贝和古加兽大战之后，过了三年，数码世界又面临新的挑战，一名为暴龙改造者的少年想要称霸数码世界，凡是接触其魔法圈的精灵，都成了暴龙改造者的傀儡。本宫大辅、井上京、火田伊织和一乘寺贤成为了勇气的继承者。参与了一项神秘计划，即穿越到数码宝贝的世界，这一次的拍档是V仔兽、麻鹰兽、穿山兽、虫虫兽、八达兽、迪路兽。暴龙改造者驯养了几头野兽，每一只都被洗脑，变为了邪恶的化身。轮流同数码宝贝作战，力量最大的要数贝利亚吸血魔兽。最后，全世界被选中的孩子凝聚力量送给帝皇龙甲兽战士，打败了贝利亚吸血兽。数年过去后，数码世界已经和现实世界平衡，每个孩子都有了自己的数码宝贝