这部动漫主要讲述了在西元1999年的时候，从宇宙中飞来了一颗特别大的不明流星掉到了地球上面。最后经过一系列的发现和探索，成功发现其实这个流星是一个外星人乘坐的外星飞船，也是因为在世界上其他地方的一些强大国家，为了把这个外星飞船落地时候给地球造成的破坏而努力。

遮盖住这个外星飞船降落在地球的事实，最终联合组成政府。由当时联合政府军队把这个改造成为了一个长1200公尺的超级宇宙战舰，名字是马克罗斯号。人类社会此时也正在历经联合军反动组织的分裂。在这些连绵不断战争里，马克罗斯号依然坚挺的运行着，一直到十年后的一天，马克罗斯号正式开启水典礼。那天，月球的轨道上面突然发现时空跳跃的巨大反应。马克罗斯号的主炮筒开始自行发射，还击中了月球上出现的外星探测船的故事。