故事情节仍然聚焦在人类与巨人之间的激烈对抗上。由于高大的外墙被一只超大型巨人摧毁，艾伦和他的伙伴们被迫前往执行修复任务，但却陷入了巨人的无情袭击之中。幸运的是，调查兵团的队长敷岛及时出现，拯救了他们，但这个时候，艾伦为了救出巨人口中的阿明却被一只巨人吞噬。就在众人感到绝望的时候，艾伦却发生了不可思议的变化，他突然变身成了一只巨人，开始反击其他巨人。