在《PHI·BRAIN 神之谜题》第二季中，主角大门界人将再次面对全新的敌人。新的敌人隐秘地潜伏在暗处，制造着更加扑朔迷离的谜团，使得“Orphism Order”和“Phi Brain”之谜笼罩在更加神秘的氛围之中。然而，这些谜题的复杂性并没有消减界人对解开它们的渴望，反而激起了他内心深处更强烈的战斗热情。