剧情背景设定在地球已经很久没有遭受怪兽侵害，似乎恢复了和平的时期。人类将目光进一步转向宇宙，因此对抗怪兽的队伍规模也在逐步减小。然而，在这时，神秘的宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击，导致地球与宇宙的联系被斩断，地球变成了一个“孤独的行星”。